Согласно этимологическому словарю Макса Фасмера слово "кощу́н" значит "насмешник, богохульник". «Материалы» И.И. Срезневского дают обозначение ещё нескольким словам с корнем "кощ-": "кощуна" - басня, вздор; "кощунание" - свершение греха кощунства; "кощь" - костляв; "кощунословить" - говорить с сатанинской злобой; "кощунати" и "кощунити" - собственно кощунствовать. Из определений очевидна (по тем временам конечно) антихристианская направленность кощунствующих, при которой негативные отзывы христианских летописцев кажутся вполне естественными. Можно предположить, что кощуны были не просто баснями и вздором, а религиозным знанием, которое распространяли некие перехожие люди - кощунники. У И.И. Срезневского есть такой пример типичного употребления слова "кощунник": "Да начнеши мощи кощюнникомъ въспрещати, видиши многы събирающеся къ кощюньникомь" (Златостр. сл. 24; "Да начни прижимать кощунников, видишь как много людей вокруг них собирается"). Что безусловно отражает борьбу христиан с предыдущей религией восточных славян.
У слова "кощей" на бытовом уровне есть несколько значений, и предполагается по крайней мере два возможных источника (с разными значениями выведенных слов): праиндоевропейский и тюркский ("раб"). При этом в быту основным было и остаётся тюркское значение в различных вариантах: раб, худой, нищий, мальчик... Это никак не соответствует образу Кощея Бессмертного из русских народных сказок (например в сказке «Иван Соснович» Кощей превращает в камень целое царство), но со временем его начали изображать очень худым.
Среди праиндоевропейских корней на слово "кощей" похож только корень *h₃és-no- (осина; с учётом возможного перехода звуков может звучать как кешно). Даже если допустить, что осина была основным деревом праиндоевропейцев (например, от этого корня произошло английское слово "ash" - "пепел" - наши предки его постоянно сжигали), то вряд ли его боготворили наши пращуры. Впрочем, по сказкам, подобно дереву Кощей берёт силу от воды.
В хозяйстве древних славян от воды силу могли брать ещё земля весной и скот на водопое. С этой точки зрения интересна другая версия. Слово "кощей", вероятно, состоит из двух частей: "ко(у)" и "щей". Я бы предположил, что первая часть соответствует праиндоевропейскому корню *gʷou- ("бык"). От него произошло русское слово "говядина" и английское - "корова" ("cow"; кстати видно как легко "г" превращается в "к"; очень разное произношение "г" в русском и украинском языках тоже подтверждает возможность такого перехода). Вторая часть, "-щей" (или "-щий"), может быть либо результатом преобразования слова в прилагательное, либо самостоятельным корнем. В первом случае, значение "бык" не подходит - корень слишком короток, а преобразование подразумевает замену конца корня на "щ" (пример, "доска-дощатый", где производный корень не "до-", а "доск-"). Поэтому, в данном случае больше подойдёт праиндоевропейский корень *H₃ost- > kost- - кость (превратился в русские слова "кость" и "остов"). Слово же "кощей" будет иметь смысл "костяной", как и было предложено Фасмером со ссылкой на Бернекера. Известно, что в таком смысле оно часто употреблялось. Единственно, слово это не вяжется с божественным образом Кощея.
Не было ли другого смысла в слове "кощей"? Принимая во внимание подмену "к" на "г", слово "кощей" могло произойти от слова "гост". Такое слово есть в английском языке ("ghost") и обозначает оно привидение. Оно скорее всего происходит от того же праиндоевропейского корня *H₃ost- (кость, остов), но уже есть намёк на потустороннее существо. То есть, возможно, что Кощей - божество, имеющее отношение к посмертному существованию. Не бог ли это подземного мира (земля берёт жизненную силу от воды) и Великий Пращур? Правда, прямолинейное имя Скелет-Дух несколько мелковато для объекта религиозного поклонения.
Второй возможный вариант происхождения имени Кощей можно получить если считать части "ко(у)-" (от *gʷou- "бык") и "-щей" ("-щий") самостоятельными. Часть "-щий" в этом случае скоре всего соответствует старославянскому "сы", превратившемуся со временем в "су́щий" - "самодовлеющая единица" (по И.И. Срезневскому).
В этом случае, имя Кощей должно означать "быкосущность". Оно похоже на слово-заменитель настоящего имени. Так славяне из страха перед бером заменяли его имя на "ведающий мёд" - медведь (берлога - дом бера). Если "Кощей" - такое же имя-заменитель, то можно предположить, что Кощей считался очень грозным богом и должен был изображаться не в своём естественном виде, а образом-заменителем, вероятно, в виде быка.
Кстати говоря, такой бог в истории хорошо известен. Это Ваал или Баал - «бог, владыка». Ваал (слово "вол" в русском языке?) высоко почитался в Древнем Мире и "мог изображаться в облике могучего быка или воина в рогатом шлеме (на фотографиях), что связывает его с Зевсом, Зевсом-Аммоном, вавилонским Зевсом-Баалом", что не удивительно. У славян были общими с праиндоевропейцами не только языковые корни, но и истоки религии, которую мы потеряли.
Если вернуться к вопросу о бессмертии Кощея ("смерть его на конце иглы, та игла в яйце, то яйцо в утке, та утка в зайце, тот заяц..."), то нужно отметить, что слово "смерть" произошло он праиндоевропейского корня *mer- ("умирать"). Смерть у праиндоевропейцев - *neḱ- (отсюда греческое слово "некроз"). То есть, в мифе, возможно, вообще не смерть имелась в виду. Например, очень похожий на *mer- корень *(s)mer- у праиндоевропейцев означал "память" (душу?). Тогда "смерть на конце (костяной!) иглы" - просто указание на неуловимость (нематериальность) духа Кащея Бессмертного. Именно поэтому он и бессмертен. Цепочка же животных, в которых была смерть Кощеева - просто перечень всего, в чём есть дух Кощеев. Возможно, это - священные животные и растения древних славян. Похоже, древние нам просто говорили этой последовательностью, что "всё живое из яйца" (omne vivum ex ovo), а в яйце - дух божий.